수입통관전에 선하증권을 양도하고(수입물품이 보세구역에 도착하기 전에 양도하는 경우 포함) 선하증권을 양수한 자가 수입통관하는 경우 보세구역내 선하증권의 양도에 대해서는 10%의 부가가치세가 과세되는 것이므로

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​선하증권 양도자는 선하증권 양수자에게 세금계산서를 발급하여야 하는 것이며,

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​이 경우 선하증권 양도에 대한 세금계산서 교부시 과세표준은 선하증권 공급가액에서 세관장이 부가가치세법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액으로 하는 것이며(부가가치세법 시행령 제61조 제1항 5호 전단), 이 경우에는 이중납부 문제는 발생하지 않는 것이며,

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다만, 세관장이 부가가치세법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 해당 선하증권을 공급하는 자의 과세표준은 선하증권의 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급할 수 있는 것이며(부가가치세법 시행령 제61조 제1항 5호 단서), 이 경우 공급받는 자는 선하증권을 공급한 사업자로부터 수취한 세금계산서상 매입세액과 세관장으로부터 수취한 세금계산서상 매입세액을 모두 공제(환급)받을 수 있으므로(부가가치세법 제38조 1항) 역시 이중납부 문제는 발생하지 않는 것으로 판단됩니다.

다만, 선하증권 양수인은 매입원가를 이중으로 계상하지 않으면 되는 것으로 사료됩니다.

아래 관련 법령 및 사례를 참고하시기 바랍니다.

부가가치세법 집행기준 1-0-2 【재화의 범위】

재화란 재산 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말하며, 과세대상이 되는 재화의 구체적 범위는 다음과 같다.
ㆍ유 체 물 : 원료, 상품, 제품, 비품, 기계장치, 건축물 등 모든 유형적 물건
ㆍ무 체 물 : 전기, 열, 빛, 에너지 기타 관리할 수 있는 자연력
ㆍ권 리 : 영업권, 산업재산권, 광업권 등 재산 가치가 있는 권리
ㆍ기 타 : 선하증권, 창고증권, 화물상환증 등

* 부가가치세법 시행령 제61조 【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】
① 법 제29조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다. (2013. 6. 28. 개정)

5. 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우: 그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액. 다만, 세관장이 법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 금액을 공급가액으로 할 수 있다. (2014. 2. 21. 단서개정)

* 법규부가2012-231, 2012.06.07
국내사업자 갑이 국외사업자 A로부터 물품을 매입하면서 발급받은 선하증권을 보세구역 내 국내사업자 을에게 양도하는 경우, 해당 선하증권 양도에 대해서는 부가가치세가 과세(10％) 되는 것이며, 「부가가치세법」 제16조에 따라 세금계산서를 발급하여야 하는 것임